In Alto Adige vengono sottoposti a tutela sotto forma di "biotopi" una serie di ambienti vitali naturali o naturalistici, spesso anche prodotto della creazione o trasformazione ad opera dell'uomo. Una tutela efficace di specie animali e vegetali rare o minacciate avviene infatti solo grazie alla conservazione dei loro habitat naturali. Sono sempre più rare le zone umide, i torrenti naturalistici ancora integri, gli stagni, le torbiere, i prati aridi e i boschi ripariali. Essi costituiscono l'habitat vitale di singolari tipologie di flora e fauna.
I biotopi attualmente sottoposti a tutela nella Provincia di Bolzano sono 175, e occupano una superficie complessiva di 2.503 ettari, pari allo 0,35% circa del territorio provinciale.
All'interno di ogni biotopo é sostanzialmente vietata ogni forma di ridestinazione colturale o modifica ambientale, sia rispetto al quadro paesaggistico sia agli aspetti naturalistici, con particolare riguardo per la flora e la fauna, nonché il tessuto idrologico e microclimatico.
Per ciascun biotopo sono previste ulteriori norme di tutela, che ne regolano l'eventuale utilizzo estensivo di tipo agricolo e forestale oltre a contenere vari divieti, come l'accesso durante il periodo della nidificazione,
la caccia,
la raccolta di piante e funghi,
il campeggio,
la circolazione con veicoli motorizzati.
Visto che la maggior parte dei biotopi si trova in zone antropizzate, essi necessitano di un costante controllo e di svariati interventi di mantenimento e di cura, per evitare o contenere il più possibile eventuali disturbi da parte dell'uomo e per ripristinare le caratteristiche naturali di parti di biotopi danneggiate.
Gli interventi di mantenimento e di cura e l'eventuale utilizzazione agricola estensiva tengono conto del particolare tipo di biotopo e del relativo fine di tutela. Ad esempio, le torbiere alte debbono essere lasciate assolutamente intatte. I biotopi formatisi in seguito al loro secolare utilizzo da parte dell'uomo, come i prati da strame ed i prati magri, necessitano sempre di uno sfalcio regolare, per evitare l'espandersi di arbusti e cespugli. Nei prati aridi della Val Venosta e di Castelfeder é senz'altro auspicabile praticare una moderata attività di pascolo, onde limitare la crescita di arbusti e cespugli.
In molti biotopi sono necessari periodici lavori di mantenimento e cura, come la manutenzione dei sentieri, la realizzazione e la riparazione di recinzioni, passerelle, sbarre, l'apposizione della segnaletica, l'asporto dei rifiuti, lo sfalcio di prati e relativa eliminazione di arbusti e cespugli, la rigenerazione dei laghetti e fossati e la messa a dimora di siepi. Tali interventi, vengono eseguiti dall'amministrazione provinciale, sempre che i canneti non vengano adibiti agli usi tradizionali.
Per accrescere la biodiversità vengono creati anche dei nuovi specchi d'acqua. Se necessario, gli stagni ed i fossati interrati vengono ripuliti dal fango, per riattivarne la dinamica naturale.