Sembra che il cavallo non fosse presente in Giappone fino al Neolitico. Inoltre si ritiene che tutti i cavalli indigeni giapponesi siano discesi dagli animali portati dal continente asiatico in vari tempi e seguendo vari itinerari. Molte razze si sono andate selezionando in relazione all'ambiente. Il cavallo ha svolto un ruolo molto importante nella cultura giapponese, non solo per il trasporto e i lavori agricoli, ma anche per scopi militari.
Le razze indigene sono tutte di taglia modesta; per aumentare la taglia si è ricorso a cavalli stranieri.
Molte razze indigene giapponesi sono in forte pericolo di estinzione e sono stati avviati programmi per la loro salvaguardia. Sono tutte di altezza modesta (dai 115 ai 145 cm), presentano una testa pesante e il collo portato orizzontalmente.
- Hokkaido Pony
- Kiso Pony
- Misaki Pony
Miyako Pony